Eclipse автоматически показывает вкладку "Console", если отлаживаемое приложение что-то выводит в stdout. Иногда это не очень удобно. Например, работаешь в данный момент во вкладке "Search" или смотришь как выполняются unit-тесты во вкладке "JUnit", а тебя без твоего ведома переключают на консоль.
Для отключения этого поведения нужно в настройках:
Preferences -> Run/Debug -> Console
снять флажки:
Show when program writes to standard out
Show when program writes to standard error
